|
|
Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomech papilomavirů
Vyoralová, Andrea ; Kollerová, Silvia (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Papilomaviry jsou pohlavně přenášené patogeny o délce genomu asi 8 kbp. Pravděpodobnost, že se dospělý člověk setká s nákazou papilomaviry je až 80–90 %. Ve většině případů se s infekcí vypořádá imunitní systém. U žen může však infekce vést až k rozvoji rakoviny děložního čípku. Tu způsobují vysoce rizikové lidské papilomaviry, proti nimž je dostupná vakcinace. V genomech papilomavirů byly nalezeny sekvence bohaté na guanin, ve kterých dochází k tvorbě G-kvadruplexů. Ty jsou tvořeny nad sebe naskládanými G-tetrádami a jsou stabilizovány monovalentními kationty, nejčastěji K+ a Na+. Nacházejí se například v telomerách, promotorech onkogenů, vazebných místech transkripčních faktorů a rekombinačních místech. V genomech těchto virů se rovněž nacházejí inverzní repetice (IR) složené ze sekvence nukleotidů, po níž následuje její reverzní komplement. Inverzní repetice se označují jako hotspoty genomové nestability, jelikož se skládají do vlásenkových nebo křížových struktur, které narušují replikaci DNA. K analýze genomů byl použit G4Hunter a Palindrome analyser. Analýzou bylo zjištěno, že výskyt potenciálních sekvencí tvořících G-kvadruplex (PQS) je vyšší v papilomavirech infikujících obratlovce než ve virech infikujících člověka, což je způsobeno vyšším obsahem guaninu a cytosinu, které bývají s tvorbou PQS spojovány. V genomech papilomavirů byla zjištěna vyšší frekvence výskytu PQS než u Archaea, Bacteria a Homo sapiens. Analýza IR prokázala, že je v genomech nejvyšší zastoupení nejkratších IR (6 bází) a také to, že IR o délce 25–30 bází se nachází pouze v několika málo genomech.
|
|
|
Virom dolních močových cest
Cirbusová, Adéla ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Lidský močový trakt byl dlouhou dobu pokládán za sterilní prostředí. V posledních letech se však ukázalo, že je osídlen rozmanitou mikrobiální komunitou, jejíž součástí jsou i viry. O viromu moči je toho ale prozatím známo jen velmi málo. V této práci byl virom močového traktu charakterizován u tří jedinců ze vzorků moči pomocí metodiky sekvenování nové generace (NGS), jež byla nejprve pro tento účel optimalizována. Charakteristika viromu ze vzorků moči pomocí NGS se však ukázala být poměrně problematická, což bylo zapříčiněno především fragmentací virových genomů. I přes to se podařilo u všech tří jedinců identifikovat lidské endogenní retroviry a u dvou z nich také JC polyomavirus. Složka viromu moči tvořená lidskými DNA viry byla dále blíže prozkoumána pomocí kvantitativní PCR. Možný rozdíl v zastoupení a virové náloži lidských DNA virů byl pozorován u pacientů s karcinomem močového měchýře (mm) a bez karcinomu mm a také v závislosti na části močového traktu, ze které byl vzorek odebrán. Nejvíce zastoupené viry byly Torque Teno virus a JC polyomavirus. Torque Teno virus byl detekován u 75 % pacientů s karcinomem mm a 60 % pacientů bez karcinomu, JC polyomavirus u 43,8 % pacientů s karcinomem mm a 50 % pacientů bez karcinomu. U 25 % pacientů s karcinomem mm a 20 % pacientů bez karcinomu se dále...
|
|
|
Interference vybraných DNA virů s procesy apoptózy
Sauerová, Pavla ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Štěpánek, Luděk (oponent)
Tato práce je zaměřena na vybrané DNA viry a některé jejich mechanismy uplatňující se v inhibici či indukci procesu apoptózy. Vybranými DNA viry jsou virus hepatitidy B, polyomaviry, papilomaviry a herpesviry. Viry vyvinuly v rámci evoluce různé strategie v boji proti hostitelské obraně. Jednou z obranných odpovědí hostitele na virovou infekci je apoptóza. U virů zaznamenáváme fenomén potlačení či indukce apoptózy v závislosti na fázi životního cyklu, ve kterém se virus nachází. V některých strategiích, zasahujících do procesu apoptózy, nalézáme jisté podobnosti. Typickým příkladem je zacílení a manipulace na úrovni onkosupresoru p53 či produkce Bcl-2 homologů. Jiné strategie jsou výrazně specifické. Cílem těchto manipulací je zajištění úspěšné replikace, uvolnění viru z buňky a tedy jeho šíření organismem či mezi organismy. Některé viry dokonce disponují mechanismy, které jim umožní perzistovat v organismu po dlouhý časový úsek, nebo do konce jeho života.
|
|
|
Význam sumoylace pro infekci vybranými viry replikujícími se v buněčném jádře
Sejpková, Marie ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Frydrýšková, Klára (oponent)
Tato práce pojednává o vzájemném působení virů a hostitelské buňky ve vztahu k procesu sumoylace. Hlavním cílem je poukázat na ovlivnění jak replikační strategie daného viru, tak buněčného cyklu tímto mechanismem. Sumoylace je z hlediska řízení buňky klíčový proces, který zasahuje do hlavních drah regulace zahrnujících například p53, PML tělíska či epigenetické změny chromatinu. Pro virus má význam ve stabilizaci jeho proteinů, což ovlivňuje dobu jejich působení a přesnější načasování jednotlivých fází replikačního cyklu. Jedním z pohledů může být vlastní soutěž o SUMO protein (small ubiqitin like modifieder) mezi buňkou a virem. Z hlediska viru v konečném důsledku vyústí sumoylace v potlačení antivirové obrany buňky, regulaci samotného buněčného cyklu, a to zejména během indukce apoptózy, a obecně k lepšímu šíření onemocnění. Objevených proteinů a jevů souvisejících se sumoylací neustále přibývá, stejně tak jako počet virů, které sumoylaci využívají. Využití či zneužití sumoylace virem ukazuje další možnost v manipulaci s buňkou a schopnost viru zasahovat do relativně stále neprobádaného stupně buněčné regulace.
|
|
|
Experimental model systems to study small DNA viral infection
Bučková, Alžbeta ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Polyomavírus Merkelových buniek (MCPyV) a ľudský papilomavírus 16 (HPV 16) sú malé nádorové DNA vírusy z rodín Polyomaviridae a Papillomaviridae, ktoré predstavujú narastajúce riziko pre ľudí spojené s ich onkogénnym potenciálom. Po nakazení človeka sú HPV 16 a MCPyV schopné dlhodobo perzistovať väčšinou v podobe asymptomatickej infekcie, pričom je agresívny priebeh ochorení potlačovaný imunitným systémom hostiteľa. Integrácia týchto vírusov do hostiteľskej DNA spôsobuje transformáciu buniek vyúsťujúcu do zriedkavých no zhubných karcinómov kože a lézií epitelu pohlavného traktu, hlavy a nosohltanu, ktoré môžu vyústiť do malígnych nádorov. Ich mechanizmy úniku pred imunitným systémom a kompletné životné cykly, dodnes nie sú úplne známe, čo len podčiarkuje význam napredovania výskumu v tejto oblasti. Cieľom tejto bakalárskej práce je poskytnúť zrozumiteľný prehľad modelových systémov zameraných na štúdium MCPyV a HPV 16 in vitro aj in vivo. Kľúčové slová: Papilomavírusy, polyomavírusy, pseudopartikule, bunečné kultúry, zvieracie modely, ľudský papilomavírus 16, polyomavírus Merkelových buniek, HPV 16, MCPyV
|
|
|
Bovinní papilomaviry
Voběrková, Eva ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Bovinní papilomaviry (BPV) jsou malé neobalené dsDNA viry patřící do čeledi Papillomaviridae. Jakkoli jedním ze znaků této čeledi je vysoká druhová a tkáňová specifita, některé bovinní papilomavirů představují v tomto směru výjimku a jsou schopny infikovat i jiné skupiny obratlovců, jakkoli přenos na člověka zatím nebyl prokázán. Jako všechny viry z této skupiny, i BPV mají značný tumorogenní potenciál, zejména při infekci nepermisivních buněk. I v přirozeném hostiteli ale způsobují klinické onemocnění tvorbou papilomat, která mohou interferovat s životními projevy hostitele a způsobovat značné hospodářské ztráty. BPV byly dlouhá léta modelovými organismy pro studium svých lidských protějšků (lidské papilomaviry, HPV). V posledních letech ale studium BPV poněkud upadá, zastíněno úspěchem vakcín proti HPV. Tento úspěch ale zároveň otevírá možnost vývoje podobných vakcín proti BPV s cílem zamezit onemocnění hospodářských zvířat v chovech. Aby bylo možné úspěšně na takové vakcíně pracovat, je třeba nejdříve pochopit funkce viru a virových proteinů a mechanismus jejich interakce s hostitelskou buňkou. Stejně tak je třeba zmapovat jednotlivé BPV a jejich podobnosti a odlišnosti s ohledem na specifika jednotlivých typů. Takový přehled předkládá tato práce. Klíčová slova: bovinní papilomavirus, nemoci,...
|
|
|
Význam sumoylace pro infekci vybranými viry replikujícími se v buněčném jádře
Sejpková, Marie ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Frydrýšková, Klára (oponent)
Tato práce pojednává o vzájemném působení virů a hostitelské buňky ve vztahu k procesu sumoylace. Hlavním cílem je poukázat na ovlivnění jak replikační strategie daného viru, tak buněčného cyklu tímto mechanismem. Sumoylace je z hlediska řízení buňky klíčový proces, který zasahuje do hlavních drah regulace zahrnujících například p53, PML tělíska či epigenetické změny chromatinu. Pro virus má význam ve stabilizaci jeho proteinů, což ovlivňuje dobu jejich působení a přesnější načasování jednotlivých fází replikačního cyklu. Jedním z pohledů může být vlastní soutěž o SUMO protein (small ubiqitin like modifieder) mezi buňkou a virem. Z hlediska viru v konečném důsledku vyústí sumoylace v potlačení antivirové obrany buňky, regulaci samotného buněčného cyklu, a to zejména během indukce apoptózy, a obecně k lepšímu šíření onemocnění. Objevených proteinů a jevů souvisejících se sumoylací neustále přibývá, stejně tak jako počet virů, které sumoylaci využívají. Využití či zneužití sumoylace virem ukazuje další možnost v manipulaci s buňkou a schopnost viru zasahovat do relativně stále neprobádaného stupně buněčné regulace.
|
|
|
Využití rostlin při přípravě vakcín proti lidskému papillomaviru
Dlabalová, Lucie ; Moravec, Tomáš (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
Papillomaviry způsobují různá onemocnění od kožních bradavic až po léze vedoucí ke vzniku maligních nádorů. Mezi lidmi jsou velice rozšířeny. Proto se v současnosti vyvíjí metody produkce levných a účinných vakcín jak pro jejich prevenci tak i terapii nádorů. V současnosti jsou k produkci farmaceutik nejčastěji používány živočišné a mikrobiální expresní systémy, které mají mnoho nevýhod a v budoucnu nemohou pokrýt poptávku. Otevírá se tak možnost využití rostlin jako potenciálně velmi efektivních producentů léčiv. Rostlinné expresní systémy se optimalizují a dochází ke zvyšování výtěžků, intenzivně se hledají cesty jejich nejlepšího a nejbezpečnějšího způsobu využití. Tato práce shrnuje a porovnává výhody a nevýhody různých způsobů transformací rostlin, vedoucí buď ke stabilní produkci požadovaného proteinu v transgenních rostlinách, nebo přechodné expresi prostřednictvím rekombinantního rostlinného viru infikujícího netransgenní rostliny. Dále hledá nejvhodnější rostlinné druhy, poskytující vysoké výtěžky ve spojení s určitou transformační metodou a umožňující snadný způsob pěstování, popisuje několik základních způsobů optimalizací exprese a nastiňuje budoucnost rostlinných expresních systémů.
|
|
|
Interference vybraných DNA virů s procesy apoptózy
Sauerová, Pavla ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Štěpánek, Luděk (oponent)
Tato práce je zaměřena na vybrané DNA viry a některé jejich mechanismy uplatňující se v inhibici či indukci procesu apoptózy. Vybranými DNA viry jsou virus hepatitidy B, polyomaviry, papilomaviry a herpesviry. Viry vyvinuly v rámci evoluce různé strategie v boji proti hostitelské obraně. Jednou z obranných odpovědí hostitele na virovou infekci je apoptóza. U virů zaznamenáváme fenomén potlačení či indukce apoptózy v závislosti na fázi životního cyklu, ve kterém se virus nachází. V některých strategiích, zasahujících do procesu apoptózy, nalézáme jisté podobnosti. Typickým příkladem je zacílení a manipulace na úrovni onkosupresoru p53 či produkce Bcl-2 homologů. Jiné strategie jsou výrazně specifické. Cílem těchto manipulací je zajištění úspěšné replikace, uvolnění viru z buňky a tedy jeho šíření organismem či mezi organismy. Některé viry dokonce disponují mechanismy, které jim umožní perzistovat v organismu po dlouhý časový úsek, nebo do konce jeho života.
|
host ::
RSS.